1.课程内容和体系的改革
　　我室教师主持校级立项的教改课题3项，其中2项获山东大学教学成果二等奖，2项获山东大学优秀教学成果奖。
　　根据不同专业的学生调整课程内容，如：护理专业学生的教学，在内容上突出临床用药的剂量，不良反应，配伍用药注意事项等。专升本学生的教学，在内容上以病而不是以药为线进行讲解。
　　机能学实验课程体系改革：成立机能学实验室，将生理学、病理生理学、药理学和心理学的实验融合在一起。改革原先各学科实验课程的教学大纲和教学计划，打破原来各自为政的学科界限，除一些经典的基础性实验外，增设设计型和综合型实验内容，突出反映学科间相互联系和相互交叉的关系，并编写《机能学实验课程》教材，以培养学生独立思考和独立操作能力，培养学生的创新精神和实践能力。
　　2.教学方法和手段的改革
　　（1）有80%以上的教师能以教育规律和教学原则为依据，结合每一教学环节的特点改进和改革教学方法。
　　（2）教学方法和手段的改革，采用提问式、启发式和讨论式教学，避免满堂灌的教学模式，配以动物实验录像、药理学多媒体课件，通过校园网、局域网等现代化教学手段，调动学生学习的积极性和主动性。
　　（3）有60%以上的教师能组织学生参加第二课堂活动，并有一定成效。
　　（4）全部教师都能采用电化教学、计算机辅助教学等现代化教学手段，效果好。
　　（5）药理学研究所为博士、硕士学位授权点。部分学生参加了我室各课题组或在读研究生的科研活动。如我校临床医学七年制专业的学生，通过第二课堂活动，理论与实践相结合，扩大了知识面，增强了动手能力。今后将继续向学生开放科研实验室，吸引更多的学生参加科学研究。
　　（6）另外，研究所还多次安排教师和研究生参加学校组织的科技、文化和医疗三下乡活动，在为人民服务的实践中，提高认识，增长聪明才干。

　　３. 实验课程体系改革

　　成立机能学实验室，将生理学、病理生理学、药理学和心理学的实验融合在一起。改革原先各学科实验课程的教学大纲和教学计划，打破原来各自为政的学科界限，除一些经典的基础性实验外，增设设计型和创新型实验内容，突出反映学科间相互联系和相互交叉的关系，并编写《机能学实验课程》教材，以培养学生独立思考和独立操作能力，培养学生的创新精神和实践能力。
　　４. 在精选教学内容的基础上，不断改进教学方法，加强能力的培养，开发学生在课堂教学中的自主性、主动性、创造性，努力做到让学生通过自己的努力去探索和发现知识，将教学过程作为学生通过对知识的再发现过程去进行，从而达到培养学生的综合能力。2005 年，《基础医学融合性实验教学课程体系改革》获教育部颁发的国家教学成果二等奖；2006年，教学实验室入选首批国家实验教学示范中心。